Alocațiile bugetare sunt distribuite conform Metodologiei de finanțare instituțională a organizațiilor de drept public din domeniile cercetării și inovării. Din totalul fondurilor, circa 491 de milioane de lei (88%) reprezintă finanțare instituțională de bază, aproximativ 33,5 milioane de lei (6%) sunt alocate pentru finanțare complementară, iar alte 33,5 milioane de lei (6%) constituie finanțare compensatorie, acordată în baza indicatorilor de performanță.
Cele mai mari alocații bugetare au fost atrase de Universitatea de Stat din Moldova, cu peste 274 de milioane de lei, urmată de Universitatea Tehnică a Moldovei, care va beneficia de circa 73 de milioane de lei, și de Institutul Național de Cercetări Aplicative în Agricultură și Medicină Veterinară, cu aproximativ 48 de milioane de lei.
Ministerul Educației și Cercetării precizează că, prin Programul național în domeniile cercetării și inovării pentru anii 2024–2027 și prin alte acte normative, și-a asumat creșterea calității și atractivității cercetării. Autoritățile urmăresc modernizarea continuă a organizațiilor publice din domeniu, asigurarea unor salarii competitive și extinderea oportunităților de colaborare la nivel național și internațional pentru cercetători.
Finanțarea cercetării și inovării de la bugetul de stat se înscrie în angajamentele de dezvoltare ale Republicii Moldova și în obiectivul de integrare în Spațiul European de Cercetare.
